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查询Tags标签： Gene，共有 12条记录-
python中 从gff文件提取指定基因信息
1、测试数据下载：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/gff3/arabidopsis_thaliana/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.44.chromosome.1.gff3.gz 2、[root@PC1 test2]# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.44.chromosome.1.gff3.gz [root@PC1 test2]# gunzip Arab…
2022/6/8 1:20:12 人评论 次浏览 -
python 简易版 遗传算法
简易的遗传算法，使用时需要按照自己的需求修改fitness_func 函数 import randomdef fitness_func(code):# code 为01字符串c_value = int(code, 2)return -(c_value - 1) * (c_value - 41) * (c_value - 480)class GA(object):def __init__(self, fit_func, code_length=…
2022/1/7 14:04:22 人评论 次浏览 -
python 简易版 遗传算法
简易的遗传算法，使用时需要按照自己的需求修改fitness_func 函数 import randomdef fitness_func(code):# code 为01字符串c_value = int(code, 2)return -(c_value - 1) * (c_value - 41) * (c_value - 480)class GA(object):def __init__(self, fit_func, code_length=…
2022/1/7 14:04:22 人评论 次浏览 -
[GSEAPY] 在Python里进行基因集富集分析
前言 在生物信息学数据分析中，许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python)GSEApy is a python wrapper for GESA and Enrichr. It’s used for convenient GO enrichments…
2021/12/27 20:11:35 人评论 次浏览 -
[GSEAPY] 在Python里进行基因集富集分析
前言 在生物信息学数据分析中，许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python)GSEApy is a python wrapper for GESA and Enrichr. It’s used for convenient GO enrichments…
2021/12/27 20:11:35 人评论 次浏览 -
Java贪心算法解决基因拼接（Gene Assembly）问题
使用贪心算法解决基因拼接（Gene Assembly）问题： 贪心算法一般按如下步骤进行： ①建立数学模型来描述问题 。 ②把求解的问题分成若干个子问题 。 ③对每个子问题求解，得到子问题的局部最优解 。 ④把子问题的解局部最优解合成原来解问题的一个解实验内容： 一、实验目…
2021/11/2 9:09:46 人评论 次浏览 -
Java贪心算法解决基因拼接（Gene Assembly）问题
使用贪心算法解决基因拼接（Gene Assembly）问题： 贪心算法一般按如下步骤进行： ①建立数学模型来描述问题 。 ②把求解的问题分成若干个子问题 。 ③对每个子问题求解，得到子问题的局部最优解 。 ④把子问题的解局部最优解合成原来解问题的一个解实验内容： 一、实验目…
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富集分析的原理与实现
一般做完差异分析都会做这一步，目的是找到差异基因富集到的通路，进而与生物学意义联系起来。具体的统计方法很简单，这篇笔记里面的代码可以从零搭建一个富集分析工具。后台回复20211007获取本文的测试数据和代码，以及（单细胞）转录组分析中可能用到的GO KEGG富集分析…
2021/10/29 6:09:44 人评论 次浏览 -
富集分析的原理与实现
一般做完差异分析都会做这一步，目的是找到差异基因富集到的通路，进而与生物学意义联系起来。具体的统计方法很简单，这篇笔记里面的代码可以从零搭建一个富集分析工具。后台回复20211007获取本文的测试数据和代码，以及（单细胞）转录组分析中可能用到的GO KEGG富集分析…
2021/10/29 6:09:44 人评论 次浏览 -
批量富集分析气泡图的画法
目录 前言 一、compareCluster函数 二、使用步骤 1.加载包 2.读入数据 3.处理数据数据4.ID转换 5.通路富集 6.可视化 总结前言clusterProfile是常用的基因富集分析的包，之前已经介绍过了对但样本集合进行富集分析的操作。本次我们尝试一下使用包中的compareCluster函数对…
2021/9/22 23:13:54 人评论 次浏览 -
批量富集分析气泡图的画法
目录 前言 一、compareCluster函数 二、使用步骤 1.加载包 2.读入数据 3.处理数据数据4.ID转换 5.通路富集 6.可视化 总结前言clusterProfile是常用的基因富集分析的包，之前已经介绍过了对但样本集合进行富集分析的操作。本次我们尝试一下使用包中的compareCluster函数对…
2021/9/22 23:13:54 人评论 次浏览 -
基因表达式编程(Gene Expression Programming,GEP)
前言 该算法旨在在一组数据点中，用基因表达式编程的方法，根据基因遗传定律，物竞天择、优者生存，劣者淘汰的思想，不断进化种群，找出适宜度最高的染色体来模拟出数据点之间所存在的数学表达式关系。通常该算法用来解决符号回归问题：符号回归（Symbolic Regression）作…
2021/4/8 1:08:56 人评论 次浏览
