nnunet(十三)data format inference

2021/4/7 18:09:04

本文主要是介绍nnunet(十三)data format inference,对大家解决编程问题具有一定的参考价值,需要的程序猿们随着小编来一起学习吧!

https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet/blob/master/documentation/data_format_inference.md

Data format for Inference

推理的数据格式必须与原始数据的格式相匹配(具体来说,图像的格式必须与imagesTr文件夹中的格式完全相同)。与前面一样,文件名必须以唯一标识符开头,后跟一个4位的模式标识符。下面是两个不同数据集的例子:

  1. Task005_Prostate:该任务有2种模式,因此输入文件夹中的文件必须如下所示:
    input_folder
     ├── prostate_03_0000.nii.gz
     ├── prostate_03_0001.nii.gz
     ├── prostate_05_0000.nii.gz
     ├── prostate_05_0001.nii.gz
     ├── prostate_08_0000.nii.gz
     ├── prostate_08_0001.nii.gz
     ├── ...
    _0000是T2图像,_0001是ADC图像(由dataset.json中的“modality”指定)
  2. Task002_Heart:

    imagesTs
     ├── la_001_0000.nii.gz
     ├── la_002_0000.nii.gz
     ├── la_006_0000.nii.gz
     ├── ...

    Task002只有一个模态,所以每种case只有一个_0000.nii.gz文件。输出文件夹中的分割将被命名为identifier.nii.gz(省略了模态标识符)。



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