Rosalind Java| Counting Point Mutations
2022/2/13 9:44:39
本文主要是介绍Rosalind Java| Counting Point Mutations,对大家解决编程问题具有一定的参考价值,需要的程序猿们随着小编来一起学习吧!
Rosalind编程问题之计数核酸序列突变数。
Counting Point Mutations
Problem
Given two strings s and t of equal length, the Hamming distance between s and t, denoted dH(s,t), is the number of corresponding symbols that differ in s and t. See Figure 2.
Figure 2. The Hamming distance between these two strings is 7. Mismatched symbols are colored red.
Given: Two DNA strings s and t of equal length (not exceeding 1 kbp).
Sample input:
//序列1
CGGCCCTTCCTCGTGCGCGCCGGTGAGCAACTGCGTTAACCGCCCCCGGGTTCCGCTAAGTACGGGCGACGAAGGCGGCAGTTGAGCATGATCCATTATTTATGTGACATTAACCATGGAGGAGCATCATATGAGCCGAGTCTTTTTGTAATTCCAACGATTCGGCAGGCACCAAGGCTTCAATGGGTTTCGTATGATGTAATTGCTCGTCACCAGCAGCCCCACCAGAGTCTTTCTAAATATCTTTTTTTTGTTCAAAGATTGGGAGCTCGTGGGCAGACTGAGTGGGTCTGTAGGGAGCTGATGGGTAGAAATCAAGGCAGATTTGCTGGAAGTATCCCAGTTCACACCTTATCGTTAATTTCCTAGTAAGTTTCACACGCTTCTATTAAAGTACCTCGTGAACAGATGGCTCGTTGACGGCTTGATTAATCTTAGGGGCCGGATATTAAATGTTGACCATCTTTCATAAACCCCCCGCTGGATTAATCTCCTGGTGACTCTGCTGGCATCTCCATCCGTCTGATTTGTTGACTACCCCTTCTGATGTAGGATCCCGTGGGAGATATGGTACGCCCGCACGGTCGAGGACGAATCGTTCACGTATAGAGCTCACGGCGCCTATGGGCAGTGGCCCCTCCACTAGCTTCGGTAGGTAGTACGTCCGGTCTATGAATCGAAAGGTAAAGTCGATCCCTCGGGCTAAGGTTAGAAGTAATTCAGTGCGATTCGGCTCGCGACCTATCCATGATCGTCGCGCTTCTTGAGGGTCGCGAATAATAACGATGTTACCAAAATCCCTGTTGTTCCGTAATTTAAATAGATTACCTGGCATCGGGGTATCGAGATTGGAGCCATTCCTCACGAGCCGTCCACGGGATTCGTATCAGGTGGGCTGGAATTATCGTAACATGAAAGTATGCAGACCTCTCCAATTCATCCGAGCGATGTGATCAGTAACAACTGTTCTGCTCCCA
//序列2
CGCCCCCACCCTCCCCACGAGTGAGTGCGCTTACTTGGACAGTCCCAGGCCAATCATAAGTTGGGAACAGGCGGGCATCGTTTCCAAATTTCCTCTAGTCGCGATGAGATGAAGGATCGCGGGTTATCGATTACTCCGTTGGACTGTGCCAAGCCTCTGTGTAAGCGCACGGTGTGCCTCATACAGTTCCTGTTTGTGCAAACACCTCTCCCGTAAGAGAAACAGGAGAGGCTTGTGGAACCACCTCTACCTGCGTGAATAATGTCCACCATCTCAATGCCTAAAAGGGCCTGTTGGTCGCTGATTTACAGCGATTAATACACGTCTGGAGCAAGAATCCAGGTGTTCACCTGACGGCAGAGTATCACATTAGCTAGCAATACTCCTATTAACCTTCAGCGCGTATGCTATTCTCATTAGGCGCTTCAGTGGAATAATCCCTCGGATGGTCGATGTTGACAACACTCCACATCCCGCAAAATAGTTTGACCTCCTAATAACTCGGACCTCCCCTTGTTCAGGTATGTGCCCTGGCGATTGCGTCTGGTGTGGCATCCGAGAAATCAAAGGGTTATGATGGTTCTTTGATTACTGAACGGAACTACATATAGGTGTCGGGGGCTATCGTCTGTTCCCAGACCCCTACTGACAGGAGGGCGGTCTCTTTGACTATGCTTGCGGATATAAAATGGATCTCAGGGAGAAGCGCGCGATCAAATTGGTAGAAACTCTGTTAGCTGATGCTTAACGAGACTTGTACTACTAGTGTGTCCCAGATGACATCGATCATTGCTAGATCGCCCTTCCAGCCCAGGTGCAACCGATGACTAGGCATCTGGGTTACGAGACTTAAGCCATGCTTCCGGTCCATTTAAGGGTTTACCCATTATCTGTTCTGCTTGTAACTGCCCTTAGACGGATGTTGACCTTTGATACTCTTACCACCACGCTTACCAGTAATAGATGTTCTCTGCGAT
Return: The Hamming distance dH(s,t).
511
题目引入了一个名词——汉明距离。汉明距离是以理查德·卫斯里·汉明的名字命名的,表示两个相同长度字符对应位不同的数量,通常以d(x,y)表示两个字x,y之间的汉明距离。而针对本题而言,两个序列的汉明距离就是对应位置碱基不同的位置个数。因此我们计算两个核苷酸数量相等的序列中,相同位置处碱基不同的位置个数。
整体思路比较简单:逐一比对两个序列中相同位置的字符,如若不等则累计一个突变数mutation,最终输出计数总数。
import java.util.Scanner; public class Counting_Point_Mutations { public static void main(String[] args) { Scanner sc = new Scanner(System.in); System.out.println("请输入核酸序列1:"); String line1 = sc.nextLine();//将序列1存储到字符串类型对象line1中。 Scanner cs = new Scanner(System.in); System.out.println("请输入核酸序列2:"); String line2 = cs.nextLine();//将序列2存储到字符串类型对象line2中。 System.out.println(countMut(line1,line2)); } //定义计数突变数的方法:输入数据为两个字符串类型的核酸序列,返回整数型突变数。 public static int countMut(String line1, String line2){ int mutation = 0; for (int n =0; n< line1.length();n++){ if (line1.charAt(n)!=line2.charAt(n)){//遍历文本字符并逐一比较。 mutation++; } } return mutation; } }
这篇关于Rosalind Java| Counting Point Mutations的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对大家有所帮助,也希望大家多多支持为之网!
- 2024-05-31全网首发第二弹!软考2024年5月《软件设计师》真题+解析+答案!(11-20题)
- 2024-05-31全网首发!软考2024年5月《软件设计师》真题+解析+答案!(21-30题)
- 2024-05-30【Java】百万数据excel导出功能如何实现
- 2024-05-30我们小公司,哪像华为一样,用得上IPD(集成产品开发)?
- 2024-05-30java excel上传--poi
- 2024-05-30安装笔记本应用商店的pycharm,再安排pandas等模块,说是没有打包工具?
- 2024-05-29java11新特性
- 2024-05-29哪些无用敏捷指标正在破坏敏捷转型?
- 2024-05-29鸿蒙原生应用再新丁!新华社 入局鸿蒙
- 2024-05-29设计模式 之 迭代器模式(Iterator)